WWF-Indonesia merupakan yayasan independen yang terdaftar sesuai hukum Indonesia. Dikelola oleh
Dewan Penyantun yang terdiri dari Dewan Penasihat, Dewan Pengawas dan Dewan Pelaksana. Dewan ini berfungsi sebagai lembaga penentu arahan strategis dan kredibilitas WWF-Indonesia.
